Penggabungan beberapa Akademi di Lingkungan Departemen Kesehatan menjadi Politeknik Kesehatan merupakan salah satu upaya pengembangan sumber daya tenaga kesehatan yang harus pula disesuaikan dengan adanya perubahan kebijakan dan perangkat ketentuan penyelenggaraan pendidikan Tenaga Kesehatan. Berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor: 399/KMK.05/2019 Tanggal 13 Mei 2019, Politeknik Kesehatan Kemenkes Manado berubah menjadi salah satu satuan kerja pada Kementerian Kesehatan yang menerapkan pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum dan menggunakan Pola tarif sesuai PMK 55/PMK.05/2021 Tentang Tarif Layanan Badan Layanan Umum Politeknik Kesehatan pada Kementerian Kesehatan. Dengan demikian Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Manado saat ini terdiri dari 7 (tujuh) Jurusan yaitu: Jurusan Keperawatan, Jurusan Kebidanan, Jurusan Kesehatan Lingkungan, Jurusan Gizi, Jurusan Kesehatan Gigi, Jurusan Farmasi dan Jurusan Teknologi Laboratorium Medis yang menghasilkan tenaga kesehatan seperti Profesi Ners, Sarjana Terapan Keperawatan, Ahli Madya Keperawatan, Sarjana Terapan Kebidanan, Ahli Madya Kebidanan, Sarjana Terapan Gizi, Ahli Madya Gizi, Sarjana Terapan Kesehatan, Ahli Madya Kesehatan, dan Ahli Madya Farmasi. Poltekkes Kementerian Kesehatan Manado masih harus terus berkembang untuk meningkatkan segala bidang, meliputi sumber daya manusia, sarana prasarana, pendapatan sebagai sumber pembiayaan serta meningkatkan kualitas lulusan agar dapat bersaing dan diterima di pasar kerja. Pada saat ini Politeknik Kesehatan Kemenkes Manado memiliki 5 Program Studi Diploma IV, yaitu D-IV Kesehatan Lingkungan (Minat Epidemiologi Lingkungan & PAPLC), D-IV Gizi (Minat Gizi Klinik & Gizi Masyarakat), D-IV Kebidanan (Minat Bidan Pendidik), D-IV Keperawatan (Minat Gawat Darurat), dan D-IV Promosi Kesehatan, serta memiliki 6 Program Studi Diploma III, yaitu D-III Keperawatan, D-III Kebidanan, D-III Gizi, D-III Kesehatan Lingkungan, D-III Farmasi dan D-III Kesehatan Gigi serta 1 Program Studi Profesi yaitu Profesi Ners.